一、硝化细菌会因为环境恶劣而死亡，例如，温度，PH突然发生变化，或是受到外来的攻击干扰，缺乏食物等等。 硝化细菌受PH影响很大，硝化细菌在生长过程中会消耗大量的碱度，所以PH稍偏碱7—8，有利于硝化细菌，7.5-8.2之间为最佳，高于9低于6都要避免。 温度越高，可使硝化细菌的活性增加，但并不是越高越好，应为温度越高溶氧的饱和度就越低，所以一般建议鱼缸水体温度不要超过30度，不低于20度。 当溶氧浓度底时，硝化细菌会受到很大影响，而在鱼缸中，细菌和鱼类都需要氧气，所以曝气，打氧一定要充足。至少要控制在2-3pmm范围内。 现在鱼友红鱼养殖主要以自来水为主要换水水源，大部分又没有凉水加温的条件，换入鱼缸的水温差和ph的差距较大，对硝化系统也是个严峻的考验。
二、氨和亚硝酸作为硝化细菌的食物也不可缺少，但对于硝化细菌来说也不是越多越好，如果氨浓度高于10ppm，可能会对亚硝酸化产生抑制作用，高于0.1-1.0ppm对硝酸化产生抑制作用，亚硝酸浓度大于0.22-2.8ppm会抑制硝酸化作用。不过氨过高的情况基本不会在鱼缸中。如果发生，那缸内生物都不会存活。 光对硝化细菌的会产生不良影响，从很多相关研究中显示，光对消化细菌的生长和繁殖有抑制的现象，尤其是紫外线对硝化细菌的伤害更大。光线越弱硝化细菌的活性就越强。因此硝化细菌在黑暗中的生长要比在光照中要高。有许多鱼友询问添加硝化细菌时候是否需要关灯，我的回答是没有必要关灯后在放硝化细菌，因为虽然硝化细菌有避光性，但它们主要是附着在固定上也就是我们的过滤器材上生长，加入的硝化细菌会随水流入到过滤器材上进行扎根，只要过滤器材不要有灯光照射就可以了。 治疗鱼病的化学治疗剂，在加入鱼缸后，可能会使活在鱼缸内的细菌受到不同程度的伤害，化学治疗药剂的种类很多，也各有特性，如果选择不当，会遭受药害，损伤加大。不但鱼病不会得到治疗，反而杀死有益细菌，导致氨，亚硝酸盐堆积，更加重鱼只死亡步伐。所以用药要谨慎在谨慎。 有机物是硝化细菌不能利用的物质，因此如果有机物污染达到硝化细菌无法忍受的程度，它们的生长就可能会受到抑制，也就影响硝化作用的进行，魟鱼排泄量大，相对污染滤材较快，一般不超过三至六个月就要分格清洗， | 
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